Οι στόχοι του οικολογικού κήπου είναι τόσο η ανάκτηση του φυσικού τοπίου και περιβάλλοντος, όσο και η κάλυψη σε ένα βαθμό των αναγκών του ανθρώπου σε τροφή, αναψυχή και επαφή με τη φύση. Για την επίτευξη αυτών των στόχων ακολουθείται ένα σύνολο αρχών σχεδιασμού και διαχείρισης που περιλαμβάνουν:

Την ανάκτηση υγειών εδαφών.

Στις αστικές περιοχές πολύ συχνά απαιτείται εξυγίανση των ρυπασμένων ή άγονων εδαφών ενώ και σε γεωργικές περιοχές η επαναλαμβανόμενη χρήση μπορεί να εξαντλήσει τα εδάφη. Στις περιπτώσεις αυτές ο εμπλουτισμός του εδάφους με οργανικά κομπόστ είναι επιβεβλημένος.

Την προώθηση της βιοποικιλότητας.

Από τον οικολογικό κήπο δεν μπορούν να λείπουν τα ωφέλημα έντομα, τα πουλιά, οι γαιοσκώληκες και τα μικρά θηλαστικά. Για το λόγω αυτό πρέπει να δημιουργείται το κατάλληλο περιβάλλον που θα προσελκύει τους οργανισμούς για τροφή και νερό. Σε ότι αφορά τους φυτικούς οργανισμούς, οι φυτοκοινωνίες είναι οι ομάδες των φυτών που δημιουργούνται ώστε ο κήπος να μιμείται πιστότερο τη φύση. Τα φυτά που στη φύση αναπτύσσονται καλά μαζί θα έχουν αρμονική συμβίωση και στον κήπο, ενώ θα προσκαλέσουν κι άλλα που θα εγκατασταθούν και θα αναπτυχθούν κοντά τους.

Τη μείωση της ρύπανσης των υπόγειων υδάτων.

Με την αλόγιστη χρήση συμβατικών λιπασμάτων και αργοχημικών το νερό που απορρέει από τον κήπο μολύνει τον υδροφόρο ορίζοντα. Τα βιολογικά σκευάσματα και η οργανική λίπανση οδηγούν σε εύρωστα φυτά χωρίς να επιβαρύνεται το περιβάλλον.

Τη διαχείριση του νερού.

Η επιλογή των κατάλληλων φυτών και ο σωστός τρόπος άρδευσης είναι η μία πλευρά της σωστής διαχείρισης του νερού. Η πιο σύγχρονη άποψη είναι ότι κάθε νοικοκυριό θα πρέπει να ανακυκλώνει το νερό που χρησιμοποιεί όσες περισσότερες φορές γίνεται.

Την παραγωγή τροφής για τον άνθρωπο και άλλα ενδιαιτήματα.

Εκτός από το άμεσο «κέρδος» της παραγωγής της τροφής, πρόκειται για μία ιδιαίτερα ευχάριστη διαδικασία που ανταμείβει τον «καλλιεργητή» με ηθική και… γευστική ικανοποίηση! Δεν είναι λίγοι όσοι τολμούν να εντάξουν στον κήπο πουλερικά και άλλα οικόσιτα ζώα. Επιπλέον από τον οικολογικό κήπο δε μπορούν να λείπουν τα αρωματικά φυτά και τα βότανα που χρησιμοποιούνται τόσο σαν αφεψήματα όσο και σαν αρωματικά στην κουζίνα.

Την αισθητική αναβάθμιση τόσο των αστικών και περιαστικών όσο και των αγροτικών περιοχών.

Η εναρμόνιση των χώρων πρασίνου με το γύρω περιβάλλον και η ανάδειξη των ιδιαίτερων χαρακτηριστικών μίας περιοχής, μιας ομάδας φυτών ή ενός σημείου ενδιαφέροντος απασχολούν πάντα το σχεδιασμό του κήπου.